قضايا تتعدّى الحدود الإقليمية

نزاعات دولية

تُطالب جزر القمر بجزيرة مايوت Mayotte، التي تديرها فرنسا. كما ترفض مطالبات فرنسا ومدغشقر بالحيد المرجاني جزر جيسير Banc du Geyser، في مضيق موزمبيق.

في مايو 2008، تم استدعاء قوات الاتحاد الإفريقي لمساعدة جزر القمر عسكرياً، لاستعادة جزيرة أنجوان من المتمردين، الذين سيطروا عليها عام 2001.