قضايا تتعدّى الحدود الإقليمية

1. نزاعات دوليّة

أ. مع صربيا: انتهت مقدونيا وصربيا من ترسيم الحدود المشتركة بينهما في سبتمبر 2008.

ب. مع اليونان: لا زالت اليونان ترفض استخدام مقدونيا اسم "مقدونيا"، أو "جمهورية مقدونيا".

2. اللاجئون والمشردون داخلياً

* المشردون: 905 مشردين أو من لا جنسية أو وطن له، طبقاً لتقديرات عام 2012.

3. المخدرات

تعد مقدونيا نقطة شحن هيروين جنوب غربي آسيا وحشيشها, كما تُعد نقطة مرور للكوكايين المتجه من أمريكا الجنوبية إلى أوروبا.

وعلى الرغم من أنها لا تُعد مركزاً مالياً, ومعظم الأنشطة الإجرامية محلية، إلا أن غسل الأموال في مقدونيا يُعد مشكلة، نظراً لاعتماد الاقتصاد، بشكل كبير، على التعامل النقدي وضعف الإجراءات الأمنية.